Правомерно ли применение льготы по страховым взносам при получении гранта от фонда содействия инновациям на выполнение НИОКР?

Здравствуйте!

Мы новая организация на УСН по доходам (начало деятельности в июне 2016). Вид деятельности "разработка программного обеспечения", подпадаем под льготу по страховым взносам по оквэду 72,20.
Получили грант от фонда содействия инновациям на выполнение НИОКР в сфере также оквэда 72,20 в июне 2016года. За июнь платили страховые взносы по общему тарифу. В третьем квартале 2016 было поступление денег на р/с от продажи программного продукта, соответственно перешли на льготное обложение страховыми взносами, а также к перерасчету и за июнь 2016г..
Обязательно ли в нашем случае вести раздельный учет зарплаты - по работам по гранту и прочим работам, если эти работы относятся к одному оквэду? и правомерно ли применение льготы по страховым взносам на общий ФОТ. Кроме зарплаты и затрат на банковское обслуживание других затрат не имеем, все сотрудники(5 чел) заняты всеми работами (их пока мало).